عالم يستعيد التسلسل الجيني لفيروس كورونا الذي تم حذفه سرا العام الماضي في ووهان

بالعربي/ وجد 13 تسلسلًا من بعض الحالات المبكرة في ووهان.

العثور على القصة الأصلية لـ SARS-CoV-2 ، الفيروس التاجي المسؤول عن ما يقرب من 3.9 مليون حالة وفاة في جميع أنحاء العالم ، قد تعرقل إلى حد كبير بسبب عدم الوصول إلى المعلومات من الصين حيث ظهرت الحالات لأول مرة.

أفاد كارل زيمر لصحيفة The New York Times أن باحثًا في سياتل قد اكتشف الآن ملفات محذوفة من Google Cloud تكشف عن 13 تسلسلًا وراثيًا جزئيًا لبعض الحالات المبكرة من COVID-19 في ووهان . 

لا تقلب التسلسلات الميزان نحو إحدى النظريات العديدة حول كيفية ظهور SARS-CoV-2 أو بعيدًا عنها – فهي لا تشير إلى تسرب الفيروس من مختبر شديد الأمان في ووهان ، كما أنها لا تشير إلى نظريات طبيعية. حدث غير مباشر. لكنهم أكدوا فكرة أن الفيروس التاجي الجديد كان ينتشر في وقت أبكر من أول انتشار كبير في سوق المأكولات البحرية.

من أجل تحديد كيف وأين نشأ الفيروس بالضبط ، يحتاج العلماء إلى العثور على ما يسمى بالفيروس السلف ، وهو الفيروس الذي انحدرت منه جميع السلالات الأخرى. حتى الآن ، فإن التسلسلات الأولى هي في الأساس تلك العينات المأخوذة من سوق هوانان للمأكولات البحرية في ووهان ، والذي كان يُعتقد في البداية أنه المكان الذي ظهر فيه فيروس كورونا الجديد لأول مرة في نهاية ديسمبر 2019. ومع ذلك ، فإن الحالات من أوائل ديسمبر وحتى وقت سابق حتى لم يكن لشهر نوفمبر 2019 أي روابط بالسوق ، مما يشير في وقت مبكر جدًا من الوباء إلى أن الفيروس ظهر من مكان آخر. 

كانت هناك مشكلة مزعجة مع تلك التسلسلات الجينية الأولى. وتشمل تلك الحالات التي تم العثور عليها في السوق ثلاث طفرات مفقودة في عينات الفيروس من الحالات التي ظهرت بعد أسابيع خارج السوق. تتطابق الفيروسات التي تفتقر إلى هذه الطفرات الثلاثة بشكل وثيق مع فيروسات كورونا الموجودة في خفافيش حدوة الحصان. العلماء على يقين نسبيًا من أن الفيروس التاجي الجديد ظهر بطريقة ما من الخفافيش ، لذلك من المنطقي أن نفترض أن السلف سيفتقد هذه الطفرات أيضًا. 

والآن ، وجد جيسي بلوم من معهد هوارد هيوز الطبي في سياتل أن التسلسلات المحذوفة – على الأرجح بعض العينات الأولى – كانت خالية أيضًا من تلك الطفرات. (بلوم هو المؤلف الرئيسي في رسالة نُشرت في مايو في مجلة Science تحث على إجراء تحقيق غير متحيز في أصول فيروس كورونا ، حسبما ذكرت Live Science .)

قال بلوم لصحيفة نيويورك تايمز: “إنها ثلاث خطوات تشبه فيروسات الخفافيش التاجية أكثر من الفيروسات الموجودة في سوق هوانان للأسماك”. قال بلوم إن هذه البيانات الجديدة تشير إلى أن الفيروس كان منتشرًا في ووهان قبل ظهوره في سوق المأكولات البحرية.

“تشير هذه الحقيقة إلى أن تسلسلات السوق ، والتي هي المحور الأساسي لعلم الأوبئة الجينية في التقرير المشترك بين منظمة الصحة العالمية والصين … لا تمثل الفيروسات التي كانت تنتشر في ووهان في أواخر ديسمبر 2019 وأوائل يناير 2020 ، “كتب بلوم في ورقته البحثية التي تم تحميلها في 22 يونيو إلى قاعدة بيانات ما قبل الطباعة bioRxiv .

وفقًا لـ Zimmer ، منذ حوالي عام ، اختفى 241 تسلسلًا وراثيًا من مرضى فيروس كورونا من قاعدة بيانات على الإنترنت تسمى Sequence Read Archive التي تحتفظ بها المعاهد الوطنية للصحة (NIH).

لاحظ بلوم التسلسلات المفقودة عندما صادف جدول بيانات في دراسة نُشرت في مايو 2020 في مجلة PeerJ حيث أدرج المؤلفون 241 تسلسلًا وراثيًا لـ SARS-CoV-2 حتى نهاية مارس 2020 ؛ كانت التسلسلات جزءًا من مشروع جامعة ووهان يسمى PRJNA612766 ومن المفترض أنه تم تحميلها إلى أرشيف قراءة التسلسل. لقد بحث في قاعدة بيانات الأرشيف عن التسلسلات وتلقى الرسالة “لم يتم العثور على عناصر” ، كما كتب بلوم في ورقة bioRxiv ، والتي لم تتم مراجعتها من قبل الأقران.

كشف التجسس أن التسلسلات المحذوفة قد تم جمعها من قبل Aisu Fu ومستشفى Renmin التابعين لجامعة ووهان ، واقترحت النسخة الأولية للبحث المنشور من تلك التسلسلات (يشار إليها باسم Wang et al. 2020) أنها جاءت من عينات مسحة الأنف من المرضى الخارجيين الذين يعانون من يشتبه في وجود COVID-19 في وقت مبكر من الوباء.

لم يتمكن بلوم من العثور على أي تفسير لسبب حذف التسلسلات ، ولم تتلق رسائل البريد الإلكتروني التي أرسلها لكلا المؤلفين المطابقين للاستعلام أي رد.المحتوى ذي الصلة

كتب بلوم في bioRxiv: “لا يوجد سبب علمي معقول للحذف: التسلسلات متوافقة تمامًا مع العينات الموصوفة في Wang et al. (2020a، b)”. “لا توجد تصحيحات على الورقة ، تذكر الورقة أنه تم الحصول على موافقة البشر ، ولا يظهر التسلسل أي دليل على تلوث البلازميد أو عينة إلى عينة. لذلك يبدو من المحتمل أن التسلسلات قد تم حذفها لإخفاء وجودها.”

يلاحظ بلوم العديد من القيود على دراسته ، في المقام الأول أن التسلسلات جزئية فقط ولا تتضمن أي معلومات لإعطاء تاريخ واضح أو مكان التجميع – وهي معلومات ضرورية لتتبع الفيروس إلى أصله.

بغض النظر ، يعتقد بلوم أن النظر بعمق في البيانات المؤرشفة من المعاهد الوطنية للصحة والمنظمات الأخرى – وتجميع التسلسلات معًا – يمكن أن يساعد في رسم صورة أوضح لكل من أصل وانتشار SARS-CoV-2 ، كل ذلك دون الحاجة إلى- دراسات ميدانية في الصين. 

المصدر/ livescience.comالمترجم/barabic.com